随着我国社会政治经济的发展，绩效管理在理论和实践两方面都取得了一定成效，但从总体上看尚处于起步阶段。实践中还存在许多问题，主要表现在：
（一）政府绩效管理理论研究欠缺。
政府绩效的公共性，决定了很多内容难以量化。在政府绩效管理方面，针对中国实际而进行的系统的、全面的和具有操作性的研究成果尚不多见，加上我国政府绩效管理起步较晚，现在基本处于萌芽状态。已有的关于政府绩效管理的学术文献针对中国的国情民意很少，研究成果大都注重引用西方国家这一领域，以至政府绩效管理的实践带有很大的盲目性。目前政府绩效管理的研究主体是高校等科研机构，政府部门的主动参与甚少。
（二）缺乏科学化的绩效评估体系和评估机制。
我国政府机构改革缺乏具体可操作的政策性指导，更没有相应的法律法规和政策作为制度保障。当前各地各部门采用的绩效管理和评估活动多数都处于无监管状态，缺乏相关法律法规和政策的依据和保证。从目前我国政府实施的实际情况来看，法律建设相当薄弱，只有当政府本身问题复杂、困扰多、社会抱怨强烈时，才会采取手段进行专项检查以求有所改进，争取上级或民众的理解，也俗称为“形象工程”，使政府的绩效管理处于零散或放任自流的状态，也造成政府绩效管理由于主观性较强而有失公正性，难以使政府绩效管理得到长期有效的发展。
（三）绩效管理的目标错位。
政府绩效管理的目标是提高政府行政效率以改进政府服务水平和质量，要通过政府工作人员的业绩、政府与公民互动情况等体现出来。但我国政府绩效管理还处于初级探索阶段，没有将绩效管理作为一项长期的系统加以贯彻实施，造成政府绩效管理的目标设立错位。不能针对具体的政府事务设立相应明确的绩效目标，或者是设立的目标没有规划性和系统性，由此出现目标错位的局面。
（四）政府绩效管理的体系不完善。
首先，评估主体不齐全。从评价的参与者来看，政府绩效评价只重视自我评价，漠视社会评价，或者只注重社会评价而忽视自我评价。其次，科学的评估指标体系尚未建立。我国目前的绩效评估存在片面地将经济业绩等同于政绩，将经济指标等同于政府绩效的评估指标，指标单一缺乏科学性。再次，评估方式存在误区。从评估的方法上来看，政府绩效评估存在着重视定性评估，忽视定量评估的误区，从评估手段上来看我国对政府部门的评估主要是定期进行评估，缺乏严格的监督制度。