政府部门和私人部门是两种不同的社会组织形式。政府行使公共权力并为公共利益服务，私人部门以盈利为主要目的。企业作为私人部门最主要的表现形式，是私人部门特征的最大集成者。政府绩效评估与企业绩效评估自然也存在着很大的不同。
一是组织性质的差异。政府强调“公共性”，以“公共利益”为导向，追求社会利益的最大化，具有非盈利性。因此，政府绩效评估注重对公平性的评估、对社会效果的评估、对顾客满意度的评估。而企业则强调“利己性”，以“企业利益”为依归，追求以最低的成本获取最大的企业利益，具有强烈的“趋利性”。企业绩效评估更侧重对企业的效率进行评估，强调企业的“趋利性”和“竞争性”等特征。
二是评估动力的差异。企业绩效评估是为了企业的最终目的——即以最低成本获取最大的企业利益——而服务的。企业通过绩效评估来改变企业的经营管理，强化企业的生存目标。政府由于其自身组织的特殊性以及其在政治上所具有的优势，一般具有垄断性特征，这些都决定了政府绩效评估的动力不可能来源于自身内部，而更多地来源于外部强大的政治压力，特别是来自作为“顾客”的外部公众的压力。
三是产品和服务的差异。企业生产的产品在形态上有两个特征：其一是可见性，大部分的企业产品是看得见摸得着的实体；其二是终端性，企业产品哪怕是一个配件，也具有独立价值，企业产品在形态上的可见性和终端性，为企业绩效评估提供了直接和直观的基础，提供了进行比较的平台。而政府提供的产品主要是服务性质上的，相当部分的产品是无形的，而且，单个部门提供的产品在整个公共服务过程中，往往只是一种中间状态。同时，企业生产的产品通常采用单维的技术标准，客观的技术标准容易形成共识。而政府的产品就不简单是一个技术问题，不同的产品有不同的标准，即使同一个产品，还涉及到政治、文化和社会等诸多因素。因此，对公共产品的评估和对企业产品的评估就存在很大差异。
四是绩效评估指标的差异。在绩效指标的设计上，两者的差异也是比较大的。企业绩效评估主要是围绕财务效益、资产运营、偿债能力、发展能力等方面的指标来进行。企业绩效评估的指标大部分可以直接量化，或者说企业的绩效指标是以量化指标为主，企业绩效评估体系最突出的地方是将财务指标作为核心指标。而政府绩效评估相当多的部门都使用定性指标。例如，一些地方政府运用基本建设、运作机制和工作业绩等三个维度来构建绩效评估的指标体系，显然，这个体系中至少有两个维度是以定性为主，难以直接量化。